Las deficiencias nutricionales acabarán provocando un crecimiento deficiente: una dieta equilibrada con calorías y proteínas adecuadas es esencial para el crecimiento. Hay una serie de trastornos intestinales que pueden provocar una mala absorción de los alimentos. La imposibilidad de absorber los nutrientes y la energía de los alimentos conduce a un retraso en el crecimiento.

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Los niños con estas afecciones pueden tener molestias que involucran el estómago o los intestinos y pueden tener deposiciones que tienen un patrón, apariencia y olor inusuales. La deficiencia de estas condiciones a menudo implica una dieta especial. El crecimiento normal generalmente se reanuda después de que se ha tratado la afección.

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Las enfermedades de los riñones, los pulmones y el corazón pueden provocar un retraso en el crecimiento como resultado de una ingesta inadecuada de nutrientes o la acumulación de productos de desecho y sustancias indeseables en el cuerpo. Los niños con diabetes o "niveles altos de azúcar" pueden crecer lentamente, especialmente cuando su nivel de azúcar en la sangre no se mantiene cerca del rango normal.

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Cualquier enfermedad grave, no tratada o mal controlada puede tener un efecto adverso sobre el crecimiento. El estrés severo o el trauma emocional también pueden causar retraso en el crecimiento.